Funda Budak, Ege Üniversitesi Ekonomi bölümünden mezun oldu. Boğaziçi Üniversitesi, Siyaset Bilimi yüksek lisans programının yanı sıra Paris VIII Üniversitesi, Siyasi Ekonomi Yüksek Lisans programına tamamladı. Çalışmalarını bağımsız araştırmacı olarak sürdüren Budak, Marmara Üniversitesi Mahalli İdareler ve Yerinden Yönetim Doktorasını 2013 yılında tamamladı.