Lisans eğitimini Boğaziçi Üniversitesi Psikoloji Bölümünde alan Ekşi, Marmara Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünde de yüksek lisans eğitimini tamamlamıştır. Ekşi yüksek lisans eğitiminden sonra Uludağ Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsünden de doktora derecesini almıştır. 2005 yılında doçent, 2011 yılında da profesör olan Halil Ekşi'nin araştırma alanları arasında; moral/ahlaki gelişim, ahlak eğitimi, karakter eğitimi, alternatif terapi yöntemleri, ölçme ve değerlendirme ve bilgisayar uygulamalı istatistik yer almaktadır. Ayrıca Ekşi'nin bu konular hakkında yayınları da bulunmaktadır.
