Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinden 1996 yılında mezun olduktan sonra aynı yıl İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde Araştırma görevlisi olarak göreve başladı. İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tefsir Anabilim Dalında, Kur’an’ı Kerimin İlahi Kitaplara Bakışı başlıklı teziyle Yüksek Lisansını 1999 yılında tamamladı. Manchester Üniversitesi (İngiltere), Ortadoğu Araştırmaları Bölümü’nde Doktorasını, The Application of Modern Critical Theories to the Study of the Qur’an – With a Particular Focus on Qur’anic Studies in Turkey between 1980-2002 başlıklı teziyle 2004 yılında tamamladı. 2007 yılında IIIS- Institute for International Integration Studies, Trinity College of Dublin’de doktora sonrası araştırmalar yapmak üzere Research Fellow/misafir araştırmacı olarak görev yaptı. 2010-2011 yıllarında Tübitak pos-doc araştırmacısı olarak Ürdün Üniversitesinde araştırmalarda bulundu. Halen İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Tefsir Anabilim Dalında öğretim Üyesi olan Gökkır, İngilizce ve Arapça bilmektedir.