İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi, Din Felsefesi Ana Bilim Dalı’nda öğretim üyesi olarak çalışmaktadır. Günümüz Felsefe sahnesinde, İslam hikmetinin yetince bilinmediğini ve çağdaş felsefeye taşınamadığını düşünen Alpyağıl, bu güçlüğü aşmanın yolları üzerinde çalışmaktadır. Halen, “Mülemma düşünceler” adını verdiği bir kitap projesinin hazırlığı içindedir. Bu süreçte yayımlanmış eserleri şunlardır: Türkiye’de Otantik Felsefe Yapabilmenin İmkanı ve Din Felsefesi (İstanbul: İz Yayınları: 2010). Türkiye’de Bir Felsefe Gelen-ek-i Kurmaya Çalışmak -Feylesof Simalardan Seçme Metinler I, derleme, (İstanbul: İz Yayınları, 2010). Fark ve Yorum, İstanbul (İstanbul: İz Yayınları, 2010). Derrida’dan Caputo’ya Dekonstrüksiyon ve Din, (İstanbul: İz Yayınları: 2007). Kimin Tarihi, Hangi Hermenötik? Kur'anı Anlama Yolunda Felsefi Denemeler I (İstanbul: Ağaç Yayınları, 2003). Wittgenstein ve Kierkegaard'dan Hareketle Din Felsefesi Yapmak (İstanbul: Anka Yayınları, 2002).
